By this author

Spatial Organization of Chromatin of ZEB1 Gene Promoter Region in Pancreatic Ductal Adenocarcinoma Cells

Issue number 5 from 31.01.2026

Протоковая аденокарцинома поджелудочной железы (Pancreatic Ductal AdenoCarcinoma, PDAC) является одной из наиболее устойчивых к терапии опухолей. Культуры клеток, происходящих из разных стадий развития PDAC, различаются уровнем экспрессии ряда транскрипционных факторов. В частности, низкодифференцированные высокозлокачественные клетки PDAC отличаются повышенной экспрессией гена ZEB1, кодирующего многофункциональный фактор транскрипции ZEB1, один из основных регуляторов эпителиально-мезенхимального перехода. Методом циркулярной идентификации конформации хромосомы (Circular chromosome conformation capture, 4C) мы изучали пространственную организацию хроматина, включающего регуляторные области гена ZEB1, в высокодифференцированных клетках PDAC линии Сарап2 с низким уровнем экспрессии ZEB1 и в низкодифференцированных клетках PDAC линии MIA PaCa2 с высоким уровнем экспрессии этого гена и сравнивали ее с организацией хроматина гена KLF5. Число и распределение контактов регуляторной области ZEB1 с другими областями хроматина сходны в этих типах клеток и существенно отличаются от распределения контактов регуляторной области ранее изученного нами гена KLF5. В клетках Сарап2 контакты регуляторной области гена ZEB1 предпочтительно располагаются в районах с повышенным уровнем модификации Н3K27ac, тогда как в клетках MIA PaCa2 эти контакты находятся в районах с пониженным уровнем модификации Н3K27ac. Следовательно, вероятность контакта удаленных областей хроматина определяется в первую очередь не степенью открытости/активности хроматина данной области. Для объяснения полученных данных мы предположили, что основным регулятором уровня транскрипции гена ZEB1 в исследованных клетках является транскрипционный репрессор, тогда как в случае гена KLF5 таким регулятором служит транскрипционный активатор. По ряду свойств одним из возможных кандидатов на роль этого репрессора может быть продукт гена ZNF438. Кроме того, нами охарактеризован ряд контактирующих с промотором ZEB1 областей, специфичных для клеток MIA PaCa2 и содержащих потенциальные регуляторы активности этого гена.

45 0