By this author

Omics study of ovarian malignancies: from urine metabolomic profile to minimally invasive microrna markers

Issue number 1 from 01.01.2025

Поиск эффективных биомаркеров рака яичников является одним из актуальных направлений онкогинекологии. Метаболомное профилирование методом ультравысокоэффективной жидкостной хроматографии и масс-спектрометрии позволяет получить информацию о совокупности всех низкомолекулярных метаболитов в образце биологической жидкости пациента. Эти метаболиты могут стать потенциальными маркерами заболевания, а комбинация с данными об уровне микроРНК значительно повышает их диагностичечскую значимость. С целью выявления потенциальных неинвазивных диагностических маркеров рака яичников изучен метаболомный профиль и уровень транскриптов микроРНК в моче больных серозной аденокарциномой яичников. В исследование вошли 60 пациенток с диагнозом серозная аденокарцинома яичников и 20 женщин без онкопатологии в анамнезе. Разделение метаболитов проводили на хроматографе Vanquish Flex UHPLC System, сопряженном с масс-спектрометром Orbitrap Exploris 480. Поиск генов-регуляторов метаболитов и микроРНК-регуляторов генов осуществляли с использованием метода машинного обучения Random forest. Уровень транскриптов микроРНК в моче определяли методом ПЦР в режиме реального времени. Для построения предсказательных моделей использовали LASSO-пенализованную логистическую регрессию. В моче больных раком яичника выявлена аномальная концентрация 26 соединений (кинуренина, фенилаланил-валина, лизофосфатидилхолинов 18:3, 18:2, 20:4 и 14:0, аланил-лейцина, L-фенилаланина, фосфатидилинозитола (34:1), 5-метокситриптофана, 2-гидроксимиристиновой кислоты, 3-оксохолевой кислоты, индолакриловой кислоты, лизофосфатидилсерина (20:4), L-бета-аспартил-L-фенилаланина, миристиновой кислоты, деканоилкарнитина, аспартил-глицина, малонилкарнитина, 3-гидроксибутирилкарнитина, 3-метилксантина, 2,6 диметилгептаноилкарнитина, 3-оксододекановой кислоты, N-ацетилпролина, L-октаноилкарнитина и каприлоилглицина). С использованием метода Random forest установлены взаимосвязи метаболит–ген-регулятор (47 генов) и метаболит–микроРНК-регулятор (613 уникальных микроРНК). Уровень 85 микроРНК в моче проанализирован методом ПЦР в режиме реального времени. Обнаружены изменения уровня транскриптов miR-382-5p, miR-593-3p, miR-29a-5p, miR-2110, miR-30c-5p, miR-181a-5p, let-7b-5p, miR-27a-3p, miR-370-3p, miR-6529-5p, miR-653-5p, miR-4742-5p, miR-2467-3p, miR-1909-5p, miR-6743-5p, miR-875-3p, miR-19a-3p, miR-208a-5p, miR-330-5p, miR-1207-5p, miR-4668-3p, miR-3193, miR-23a-3p, miR-12132, miR-765, miR-181b-5p, miR-4529-3p, miR-33b-5p, miR-17-5p, miR-6866-3p, miR-4753-5p, miR-103a-3p, miR-423-5p, miR-491-5p, miR-196b-5p, miR-6843-3p, miR-423-5p и miR-3184-5p в моче пациенток с раком яичника относительно контрольной группы. Таким образом, в моче больных раком яичника обнаружен значительный метаболомный дисбаланс, ассоциированный с изменениями уровней микроРНК, регулирующих сигнальные пути этих метаболитов. При этом 26 соединений с аномальной концентрацией и уровни транскриптов микроРНК miR-33b-5p, miR-423-5p, miR-6843-3p, miR-4668-3p, miR-30c-5p, miR-6743-5p, miR-4742-5p, miR-1207-5p и miR-17-5p в моче могут служить неинвазивными диагностическими маркерами рака яичников.

4 0