By this author

πDMD simulation as a strategy for refinement of AlphaFold2 modeled fuzzy protein complex structures

Issue number 2 from 14.09.2025

Неупорядоченные белки или регионы белков характеризуются отсутствием четко выраженной трехмерной конформации. Их часто называют внутренне неупорядоченными белками или областями, но при этом они играют важную роль в различных клеточных процессах и связаны с развитием ряда патологий. В in silico исследовании мы изучили белковые комплексы, состоящие как из упорядоченного белка 14-3-3γ, так и белков с внутренне неупорядоченными областями: белка нуклеокапсида (N) SARS-CoV-2 и p53. Показано, что комплексы, смоделированные с помощью AlphaFold2 и прошедшие этап улучшения с использованием дискретного молекулярно-динамического моделирования, приобретают определенную структуру в неупорядоченных областях. Этот процесс помогает решить одну из ключевых проблем в исследовании неупорядоченных белков – их склонность избегать стабильных конформаций.

3 0